基于蛋白-配体复合物构建药效团的药物设计(Pharmacophore)

news/2024/5/19 10:09:53/

基于蛋白-配体复合物构建药效团的药物设计(Pharmacophore)

step 1.蛋白-配体复合物准备

点击File-->Import Structures导入之前已经下载好的1IEP.pdb(Abl蛋白和Imatinib的晶体复合物)

蛋白准备:点击Tasks--->Protein preparation,参照分子对接部分准备蛋白

step 2.蛋白-配体复合物药效团构建

点击Tasks-->输入Phase-->选择Develop Pharmacophore Hypothesis,打开对应面板


设置Develop Pharmacophore Hypothesis面板参数
勾选Create receptor-based excluded volume shell;可以对排阻体积进行的缩放和半径大小进行更改,还可以控制外壳的厚度以及与添加排阻体积的配体之间的距离,以获得更优的药效团模型。


设置药效团名称并创建

设置药效团模型的名字为Hypothesis_proteinLigand,点击 Create 创建药效团模型,该模型包括4个药效团特征:A1、A4、D5、D6

step3.蛋白-配体复合物药效团结果分析

注意:其他分析与基于多配体的药效团类似, 可以参考之前的笔记,这里省略。。。。


http://www.ppmy.cn/news/47387.html

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